Summarize by one column ignoring other columns

You were pretty close.

customerCount =
VAR c =
    CALCULATETABLE (
        'Table',
        ALLEXCEPT ( 'Table', 'Table'[Level] ),
        'Table'[filterRecords] = 1
    ) -- only consider valid records 
VAR j =
    ADDCOLUMNS (
        c,
        "min join",
            VAR d = [Customer]
            RETURN
                CALCULATE ( MIN ( 'Table'[Join Date] ), ALL ( 'Table' ), 'Table'[Customer] = d )
    ) -- calculate earliest join date 
VAR f =
    FILTER ( j, [Join Date] = [min join] ) -- only consider rows for min join date 
RETURN
    COUNTROWS ( f )

or all in one: 

customerCount =
COUNTROWS (
    FILTER (
        ADDCOLUMNS (
            CALCULATETABLE (
                'Table',
                ALLEXCEPT ( 'Table', 'Table'[Level] ),
                'Table'[filterRecords] = 1
            ),
            "min join",
                VAR d = [Customer]
                RETURN
                    CALCULATE ( MIN ( 'Table'[Join Date] ), ALL ( 'Table' ), 'Table'[Customer] = d )
        ),
        [Join Date] = [min join]
    )
)